Q1：

残業代込みで基本給を決めてあり、そのやり方でいままでやってきたのに、いきなり残業代を請求されました。支払わなければならないのでしょうか？

A1：
基本給に組み込んだ残業代がいくらか明確でなく、または明確であっても実際の残業代がその額を上回る場合等、残業代を支払わなければならない場合があります。

Q2：
今後、固定の残業代を組み込んだ賃金の制度を導入したいと思いますが、どのような点に注意すればよいですか？

A2：
そのような定額の残業代を「固定残業代」と呼ぶ場合があります。

固定残業代には、「定額手当制」と「定額給制」の2種類あります。

「定額手当制」は、たとえば月額賃金30万円＝基本給25万円＋業務手当5万円というものです。

「定額給制」は、たとえば月額賃金30万円＝基本給30万円（残業代5万円を含む）というものです。

「定額手当制」の際に気を付けることは、上記の例の場合の「業務手当5万円」の趣旨を明確にすることです。

すなわち、「業務手当5万円は、割増賃金見合いである」ということを明確にしておかなければ、業務手当そのものが再度割増賃金の算定基礎に算入され、「割増の割増」となりかねません。

「定額給制」の際に気を付けることは、「残業代5万円を含む」という基本給の中身の区分を明確（明確区分性）にすることです。
すなわち、「残業代5万円を含む」ということを明確にしておかなければ、基本給30万円が割増賃金の算定基礎となりかねません。

「定額給制」の悪い例は、「基本給30万円に固定残業代を含む」というものです。
逆に、良い例は、「基本給30万円のうち5万円は、1ヵ月○時間の時間外労働に対する割増賃金分とする」とし、給与明細でも明確に区分するというものです。

なお、いずれの場合においても、実際の残業代が固定残業代を上回るときはその差額を支払わなければなりません。一方、下回る場合、差額を差し引くことはできません。